Valinnaisaineiden valinnassa on hyvä ottaa huomioon oppilaan omat kiinnostukset, vahvuudet, koulumenestys sekä jaksaminen. Valinnaisaineeksi ei yleensä kannata valita ainetta, jonka opiskelu tuottaa oppilaalle jo entuudestaan vaikeuksia. Valinnaisaineita valittaessa on syytä pohtia myös valintojen vaikutusta jatko-opintoihin hakeutumiseen.

On tärkeä muistaa, että peruskoulun päättötodistuksen arvosana pohjautuu 7. luokan arvosanoihin käsityössä, kotitaloudessa ja kuvataiteessa sekä 8. luokan arvosanoihin historiassa, terveystiedossa ja musiikissa, mikäli oppilas ei valitse niitä valinnaisaineiksi. Näissä tapauksissa päättötodistukseen tulee kaksi arvosanaa, joista toinen pohjautuu 7. luokan tai 8. luokan arvosanoihin ja toinen valinnaisaineen arvosanoihin. Yhteisvalinnassa huomioidaan näiden arvosanojen keskiarvo (esimerkiksi jos pakollisen kotitalouden arvosana on 8 ja valinnaisen kotitalouden arvosana on 9, kotitalouden arvosanaksi tulee 8,5).

Lukioihin opiskelijat valitaan pääsääntöisesti päättötodistuksen lukuaineiden keskiarvon osoittamassa järjestyksessä. Lukuaineisiin luetaan äidinkieli ja kirjallisuus, toinen kotimainen kieli, vieraat kielet, uskonto tai elämänkatsomustieto, historia, yhteiskuntaoppi, matematiikka, fysiikka, kemia, terveystieto, biologia ja maantieto. Lukuaineisiin luetaan myös valinnaiset kielet (A2 ja B2), mutta valinnaiset kielet voidaan huoltajan pyynnöstä merkitä päättötodistukseen hyväksytty/hylätty–arvioinnilla numeroarvioinnin sijaan.

Erikoislukioihin, kuten musiikki- ja urheilulukioihin, opiskelija ei yleensä saa lisäpisteitä, vaikka hänellä olisi kyseistä ainetta myös valinnaisena.